1947年9月に新潟医科大学内で結成した「新潟大学医学部職員組合」は、1949年5月、新潟大学開学と同時期に、医大、師範、高校の独立組合の一本化を目的として結成した「新潟大学職員組合」の分会として「新潟大学職員組合医学部分会」と名称を変更し活動してきました。
医病、歯病の統合による医歯学総合病院の開院と教育研究院医歯学系の発足に伴い、2006年2月に歯学部分会と統合し、旭町地区唯一の労働組合となりました。
殆どが教育職で構成されている五十嵐キャンパスとは異なり、病院を有する旭町キャンパスの職種は多岐にわたり、現在も組合員の9割が病院職員、その中でも看護師が7割以上を占めています。そのため、教育現場とは異なった要求が多くあり、それに寄り添った活動が求められています。
2016年11月 第77回定期総会において、新大職組の財政悪化による組織全体の瓦解を避けることを目的として、『新潟大学職員組合＝五十嵐地区からの分離独立（＝自立）』を提案し、審議、可決され、2017年2月8日に下記の四項目を活動方針とした、新潟大学旭町職員組合を結成しました。
新潟大学では最大規模の労働組合です。
新潟県医療労働組合連合会(医労連)に加盟しています。
１．要求を実現していきます。
人にやさしく、働きやすい職場環境を目指し、労働環境改善の要求を実現していきます。
２．組合員の雇用を守ります。
組合員一人ひとりが安心して働けるよう、雇用条件の改善と余裕ある人員配置を要求し実現していきます。
３．組合員を増やして組織を拡大します。
組合員の団結および活動組織を維持し発展させるため、組合員を増やし組織を拡大することを目指します。
４．組合員と組織の団結を図ります。
組合員に対する組織の原則を以下のように宣言します。
その負担は応分に、その権利は平等に。
執行部役員とそれ以外の組合員は対等な関係であることを確認します。
活動の軌跡を明らかにするために、話し合ったこと、実行したことの記録を残します。
★2023年度(2023年9月1日～2024年8月31日）執行部は、執行委員長1名、副執行委員長2名、書記長1名、書記次長2名、執行委員4名、会計監査委員2名で構成しています。